侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆现为正县级事业单位，隶属于南京市委宣传部，馆内设立一室四部五个部门，即办公室、资料陈列部、展览工作部、人事财务部、技术设备部。侵华日军南京大屠杀史研究会（下辖“日本历史教科书问题研究分会”）挂靠该馆。馆里设立党支部。多年来，特别是近几年来，该馆围绕场馆建设做了不懈努力，并在硬件环境改造建设、文物资料征集研究、对外宣传扩大影响、队伍建设提高素质等方面取得了明显效果。

    围绕场馆环境建设改造，该馆注重以灰白色大理石为主要建筑基调的体现，构成了一部由石头垒成的史书，气势恢宏，庄严肃穆，先后获得“中国八十年代十大优秀建筑设计奖”和“中国九十年代环境艺术设计十佳”等殊荣。在环境建设上，突出渲染了南京大屠杀的主题氛围。

　　多年来，该馆在上级主管部门的领导下，在社会各界的大力关心支持下，对内围绕着基地建设，加强爱国主义教育，对外围绕和平反战宣传及国际舆论斗争、维护国家和民族利益等，开展了深入细致的工作，在国内外产生了重要影响。建馆至今，先后接待了日本、美国等80多个国家和地区在内的800多万中外观众，每年为观众提供讲解和放映历史资料片6000余场。先后接待了乔石、李瑞环、李鹏、杨尚昆、荣毅仁、尉健行、宋平、丁关根、王兆国、李铁映等20多位党和国家领导人，以及日本前首相村山富市、海部俊树、日本自民党前代理总干事长野中广务，泰国特使、前总理班雅拉春·安南，澳大利亚参议长玛格丽特·里德等十多位外国国家领导人。同时，该馆还先后引进了《纳粹屠杀犹太人展》、《日军侵华70年史实展》、《拉贝先生文献资料展》、《东史郎日记案资料展》、《日本画家镰田茂男先生油画展》、《生命的签证》（以色列）等10个在国内外有重要影响的临时展览。先后赴日本东京、大阪、名古屋等30多个市（府）县（省）、丹麦王国奥尔胡斯市，以及国内的北京、上海、武汉、福州、合肥、长春等22个城市举办了展览，观展观众达100多万人次；还先后赴日本、美国、丹麦、德国、波兰等国进行和平友好交流活动60多场。几年来，该馆坚持围绕南京大屠杀历史史实，在市教委和部分学校的积极配合下，开展了送展下乡等多种形式的宣传教育活动，充分发挥了爱国主义教育基地的功能和作用。在共建教育基地的过程中，该馆与全市80余家学校和单位签定了共建协议，配合学校和一些单位开展了入党、入团、入队、成人宣誓、专题会、主题现场会、祭奠等各类活动。该馆还组织专家学者和南京大屠杀幸存者，先后赴北京大学、华中师范大学、中国科技大学、南京大学、南京航空航天大学、河海大学、南京邮电学院、南京师专、解放军理工大学、六中、南师附中、晓庄学院等大中学校，以及江苏省政协机关、福州市级机关、下关区级机关和部分企事业单位作爱国主义教育演讲及南京大屠杀专题报告数十场，对学生进行南京大屠杀史实和与日本右翼斗争的宣传和教育；还为河海大学、南京师范大学、南京师专、南京晓庄学院、琅琊路小学等学校，提供开门办学的便利，培养了一批又一批的学生义务讲解员，并为学生进行社会调查和社会实践提供资料和场所，较好地发挥了基地的教育功能和作用。

　　在队伍建设上，建立和形成了一批以国内外大专院校教授、社科院、档案馆、博物馆研究员为主体的专家学者队伍；建立和形成了一支南京大屠杀幸存者、见证者队伍；建立和培养了一支以专职讲解员为主体的、若干大、中、小学学生义务参与的讲解员队伍；建立和培养了一支乐于为基地建设努力奉献的员工队伍。

　　该馆先后获得五项国家级荣誉，即被全国精神文明建设指导委员会评为“全国精神文明建设先进单位”，中宣部命名的百家“全国爱国主义教育示范基地”，团中央授予的“全国青少年教育基地”，国家教委、民政部、文化部、国家文物局、团中央、总政治部六部委命名的百家“全国中小学爱国主义教育基地”，中华全国总工会评出的“全国工会系统外事接待先进单位”。还先后获得省文明单位等五项省级荣誉和市文明单位等七项市级荣誉，即连续四年被江苏省委、省政府评为“江苏省文明单位”，被江苏省外办评为“江苏省外事接待先进单位”，被江苏省教委和江苏省全民国防教育委员会分别评为“江苏省学校德育基地”和“江苏省全民国防教育基地”，被中共江苏省委宣传部命名为“江苏省爱国主义教育基地”；连续六年被评为市“文明单位”、市“爱国主义教育基地”、五次被评为“南京市当年精神文明建设十件大事”之一、市社科联“先进学会”、市“宣传信息工作先进单位”、市“人防工作先进单位”等，同时，该馆党支部是市级机关“先进党组织”之一。

　　随着对南京大屠杀事件的广泛宣传，该馆在国内外的影响日益扩大，很多国内外的游客都慕名前来参观和凭吊。他们普遍反映，波兰奥斯维辛集中营及日本广岛原爆纪念馆，均被列入世界文化保护遗产，而同样作为二战中世界三大惨案之一的侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，也要按照世界文化保护遗产的要求来规划和发展。全国、省、市政协委员也分别就加强该馆基本建设，在全国、江苏省和南京市政协会议上有过多次提案，均提出按世界文化保护遗产的规模来规划与建设。目前，该场馆扩建和申报世界文化遗产工作正在积极议定之中。