侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆建馆以来，特别是近几年来，为更好地发挥该馆爱国主义教育基地的功能，以及开展国际舆论斗争，向全世界广泛宣传南京大屠杀真相，回击日本右翼势力的反华行径，该馆始终坚持围绕南京大屠杀历史史实，利用不同的时机，先后开展了一系列内容丰富、形式多样的活动，在国内外产生了较大影响。

　　1、配合国家、省、市教委召开了“全国中小学生纪念抗日战争胜利50周年大会”。

　　2、承办“江苏省暨南京市纪念抗日战争胜利50周年大会”。

　　3、与江苏省有线电视台合作举办“永不忘却——纪念抗日战争胜利50周年知识竞赛大型电视晚会”。

　　4、承办了“日本东京TBX电视台国际卫星现场直播晚会”。

　　5、与南京市委宣传部共同举办了“人人为侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆二期工程建设捐赠一元钱”活动。

　　6、承办了“纪念东京审判日本战犯军事法庭和南京审判战犯军事法庭50周年大型座谈会”。

　　7、举办了“金陵祭”系列活动：

　　　（1）在国内的北京、合肥、武汉和江苏连云港、丹阳、盐城、南通、扬州、无锡、常州、镇江等十城市举办巡回展览。

　　　（2）组织“留下历史见证”中日万名中学生寻访南京大屠杀幸存者活动。

　　　（3）举办《约翰·拉贝先生文献资料展》，邀请拉贝先生外孙女乌尔苏拉·赖因哈特揭幕。

　　　（4）举办南京大屠杀书画作品展。

　　　（5）实施建造了“古城的灾难”大型雕塑。

　　8、组织进行了东史郎日记案手榴弹试验，并举行了试验报告书、公证书送达仪式。

　　9、与河海大学联合举行了“河海大学新生莫忘国耻宣誓仪式”。

　　10、配合国家、省、市教委召开了“全国中华美德研讨现场会”、“全国德育教育现场会”。

　　11、举办了“万人坑”遗址发掘新闻发布会。

　　12、举办了“荣字”1644细菌部队人体活体试验遗骨发掘新闻发布会。

　　13、举办了批判日本反动电影《自尊——命运的瞬间》座谈会。

　　14、组织了声援东史郎正义行动系列活动。

　　15、坚持进行南京大屠杀幸存者、见证人口碑资料的抢救活动。

　　16、组织进行了抗议日本右翼势力在大阪国际和平中心召开“20世纪最大的谎言——南京大屠杀的彻底检证集会”系列活动。

　　17、邀请和组织了东史郎中国南京、北京、沈阳、上海之行的系列声援活动。

　　18、赴丹麦举办了“珍爱和平与生命——南京大屠杀期间的国际大救援”展览。

　　19、引进了日本画家镰田茂男的“二十世纪的记忆——奥斯维辛·南京”画展。

　　20、组织20多名专家学者、南京大屠杀幸存者七次赴日本参加“和平交流”活动。

　　21、组织了支持李秀英东京诉讼、夏淑琴南京诉讼和杨明贞东京国际女性战犯法庭诉讼活动。举办了南京专家学者声援李秀英东京诉讼座谈会和夏淑琴南京诉讼座谈会。

　　22、建造“万人坑”遗址陈列馆工程。

　　23、与南京市外办共同组织了日本《紫金草》合唱团来宁举行座谈会和演出活动。

　　24、与南京市作家协会共同编辑出版了首部南京大屠杀题材的诗集《不屈的城墙》，并组织召开了“永恒的悼念——《不屈的城墙》诗集首发式暨诗歌朗诵会”。

　　25、与南京市委外宣办、市文化局共同组织承办了香港艺术合唱团“悼念南京大屠杀遇难同胞”大型广场音乐会。

　　26、与省影剧公司共同组织承办了电影《紫日》首映式新闻发布会、影片研讨会等南京首映活动。

　　27、与南京师范大学南京大屠杀研究中心共同主办“纪念魏特琳逝世60周年暨南京大屠杀国际学术研讨会”。

　　28、连续16年接待了日本南京植树访华团来馆悼念活动。

　　29、配合上海市西中学、上海华师大二附中、金陵职业教育中心、审计学院等学校开展悼念仪式、成人宣誓仪式及各项专题活动。

　　30、每年12月13日，在该馆悼念广场举办“江苏省暨南京市各界人士悼念侵华日军南京大屠杀遇难同胞”的大型悼念活动。