日本的高等教育包括专科、本科和研究生教育。专科2—3年；本科一般4年，医科（含牙医、兽医）6年（毕业后可报考博士课程研究生，学制4年）；硕士 2年；博士3年。研究生教育阶段，有些学校硕士课程和博士课程分别设立；有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2年，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
日本大学专科毕业颁发毕业证书，不授予学位；大学本科毕业授予学士学位；硕士课程或博士前期课程研究生成绩合格、论文审查通过，颁发硕士学位；博士学位研究生根据其不同情况，或颁发博士学位证书，或颁发课程博士学位证书，或颁发论文博士学位证书。
日本实施大学专科教育的机构为短期大学和高等专门学校；实施大学本科教育的机构是大学的“学部”，实施研究生教育的机构是大学里的“大学院”，日本的高等教育机构根据设立形式和经费来源渠道，分为国立、公立、私立三种。
日本大学的“学部”和“大学院”除攻读学位的正规学生外，还有“旁听生”和“履修生”，前者所修课程的学分不被认定，后者所修课程的学分被认定，但都不授予毕业证书和学位证书。
日本大学的“大学院”还有一种特殊的“研究生”，也是非正规学生，一般称这类学生为“进修生”，既不能取得学分，也不能获得学位证书。有的是为了提高自身水平，有的是为报考正规研究生做准备。
日本的高等教育机构大多用日语授课，少数课程用英语授课。进入日本的高等教育机构学习，有的学校要求日语能力水平考试成绩要达到一级，有的学校要求达到二级。
大学
日本的大学分为三种：国立大学、公立大学和私立大学。国立大学就是国家设立的学校，比如东京大学；公立大学为地方设置的大学，比如东京都立大学；私立大学是学校法人设立的学校，比如早稻田、庆应大学。不论国立、公立或是私立的学校，都需经国家教育主管部门的批准和监督。
在日本，无论国立、公立或私立大学都有少数一流大学，比如国立的东京大学、京都大学，私立的 早稻田大学和庆应大学等，都是世界闻名的优秀学府。总之，不能以国立或是私立的概念作为评价大学的标准。这二者的区别只是在于，国、公立大学的经费主要由国家财政拨款，其学费相对私立大学要便宜一些。
大学院
日本的大学院是读硕士和博士的地方。日本的硕士叫做修士，学制为两年。虽然日本也有研究生这个概念，但是与中国的“研究生”有所不同：中国的“研究生”指的就是硕士，而日本的“研究生”是日本一种特殊的制度，是由于学生尚未达到读修士的水平，需花一年左右的时间跟导师补充相应的知识而设立的制度，大约相当于硕士或是博士的预科，是没有学位的。不可以与国内的研究生划等号。
日本的还有为数不少的短大及专门学校。短大的学制为2到3年，大约相当于我国的大专，主要是家政、人文、教育及社会方面的专业。专门学校也相当于我国的大专，不过，日本的专业学校是进行职业教育，并教授可实际应用的技术、知识和技能，专业以电 子、机械、化工为主，是培养高级技术工人的学校。
语言学校与大学预科
如果留学生希望直接申请大学、大学院或是专门学校，很重要的一条就是日语必须达到二级水平（如果想进一流大学则必须达到一级）。但是，能满足大学的所有入学条件的学生毕竟是少数，因此，为了给留学生们提供一个过渡的环境，日本出现了语言学校和 大学预科。留学生在就读语言学校和大学预科时，主要是培养自己的日语能力并补习一些文化课知识，为升入大学做准备。
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